Общее руководство военно-научной работой обучающихся возложено на заместителя начальника академии по учебной и научной работе и осуществляется им через центр организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров (центр ОНР и ПНПК) и начальников соответствующих факультетов, кафедр, отделов и лабораторий.
Военно-научная работа курсантов и слушателей организуется в академии в тесной взаимосвязи с образовательным процессом, научно-исследовательской, рационализаторской и изобретательской работой, публикационной деятельностью и проводится в соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации 2014 года № 670 и другими нормативными и правовыми документами.
В 2015/2016 учебном году военно-научное общество (ВНО) академии объединяло 37% переменного личного состава от общего количества обучающихся.
Слушатели и курсанты принимают участие в выполнении научно- исследовательских работ. В 2015/2016 учебном году 177 обучающихся приняли участие в выполнении НИР, заказанных органами военного управления, 207 – в выполнении инициативных НИР.
В 2015/2016 году в изобретательской и рационализаторской работе приняли участие 629 курсантов и слушателей. Совместно с преподавателями и научными сотрудниками ими подано 15 заявок на выдачу патентов РФ на изобретения и полезные модели, получено 13 патентов. В том же году академией получено 15 свидетельств о государственной регистрации программ для ЭВМ и баз данных, разработанных с участием курсантов и слушателей.
В соответствии с приказом МО РФ № 245 от 4 мая 2008 года, указаниями статс-секретаря – заместителя МО РФ № 173/УВО/3/3858 от 10 февраля 2017 года, организована работа по конкурсу на лучшие научные работы, выполненных личным составом органов военного управления, воинских частей и организаций ВС РФ, а также постоянным составом, адъюнктами и докторантами образовательных организаций Министерства обороны Российской Федерации, а также на лучшие научные работы выполненные слушателями и курсантами в 2017 году (разработаны приказы о проведении конкурсов, составе конкурсных комиссий, главнокомандующим Воздушно-космическими силами утверждена конкурсная комиссия академии – как вуза организатора по проведению конкурса).